אתגר הנינג'ה החל ביפן והיום זהו למעשה אמצע העשור השלישי בו התכנית משודרת בכל רחבי העולם. האתגר הפך בין רגע לאתגר בין- לאומי שרבים נלחמים ומתאמנים קשה על מנת לנצח בו, אך מעט מצליחים. למעשה, מי שבוחר להגיע לאתגר האמיתי מתאמן מאוד קשה, יום אחרי יום על מגוון של קבוצות שרירים.
לאתגר הנינג'ה 4 שלבים, אותם נפרט בהמשך, ולכל שלב יש מטרה מסוימת והוא מתרכז ובוחן יכולות שונות של המתמודדים שבסופו האתגר קשה ביותר הוא "הר המידוריאמה" עליו על המתמודדים לטפס ולהגיע לבאזר שנמצא בפסגת ההר תוך גג 30 שניות!

השלבים של מסלול הנינג'ה:

• שלב ראשון- השלב הראשון כולל תשעה מכשולים ושם את הדגש על זריזות המתמודד ויציבותו. המכשולים משתנים מעונה לעונה וכוללים למשל את הסטפר המפורסם, קפיצה גבוהה, קפיצת טבעות, אומגת בול העץ, מדרגות מרחפות וכו'. מוקצב לשלב עד חמש דקות. בשלב זה יש דגש רב על פלג הגוף העליון של המתמודד ונראה שהמטפסים צולחים שלב זה בהצלחה רבה. 
• שלב שני- השלב השני כולל ארבעה מכשולים ובוחן את הכוח והמהירות. בין המכשולים יש גם את קפיצת העכביש, סולם סלמון, מתלה אצבעות הברזל, המערוך, הדלתות הכבדות. מוקצב לשלב עד חמש דקות. גם כאן יש צורך בפלג גופם עליון מאוד חזק, אבל זה לא מספיק, שכן נדרשת גם זריזות ומהירות. 
• שלב שלישי- בשונה מכל שאר השלבים השלב השלישי אינו מוגבל בזמן, על המתמודדים "פשוט" לצלוח את כולו על מנת להעפיל לשלב הרביעי. השלב מתרכז בפל גופו העליון של המתמודד, ממש כמו בשלבים הקודמים רק שהוא קשה יותר, מאתגר יותר ומכשיל הרבה יותר.
• שלב רביעי (הגמר)-השלב הרביעי הוא, כצפוי, הקשה מכולם. על המתמודדים שמגיעים לשלב הרביעי לטפס בחבל על "הר מידוריאמה", שקרוי על שם אולפני טלויזיה ביפן בה צולמה התכנית המקורית.

הטיפוס על הר המידוריאמה מאתגר כל כך שרק כ-10 מתמודדים מתוך כ-30 שהעפילו לשלב האחרון הצליחו לטפס אך רבים ממשיכים וימשיכו לנסות.